美国太平洋时间2021年10月26日上午11点

用MERSCOPE平台构建小鼠视网膜的空间分辨单细胞图谱

赞助单位:维兹根
C.E.学分:P.A.C.E. CE佛罗里达CE
演讲者

摘要
日期:2021年10月26日
时间:11:00am (PDT), 2:00pm (EDT)
视网膜是视觉系统的感光部分,由六种神经元类型和几种非神经元细胞类型组成,根据细胞形态、功能和分子标记估计有100多种亚型。最近的单细胞转录组学研究表明,小鼠视网膜中的大多数细胞亚型可以根据其转录组来识别。此外,由其转录组定义的细胞亚型与从形态学和功能中获得的结果具有很好的相关性。然而,目前单细胞转录组技术的一个主要缺点是它们需要分离单细胞,从而导致空间信息的丢失。遗憾的是,空间信息对于研究许多生物过程是至关重要的,如表征神经元回路、发育和退化。因此,为了深入了解视网膜功能的机制,构建一个空间分辨的视网膜单细胞图谱至关重要。我们使用Vizgen公司的MERSCOPETM平台,用MERFISH对小鼠视网膜进行单细胞空间转录组分析。视网膜的细胞组织有一个明显的特点,许多细胞亚型组织在一个紧凑的区域。因此,要生成视网膜的空间图,就必须对程序进行优化。例如:1)由于视网膜的致密性,需要开发一种新的方案,允许抗体对细胞膜进行染色,同时使用MERFISH探针对转录本进行染色,以改善细胞分割; 2) Cell segmentation algorithm needs to be trained and optimized for the retina; 3) As some of the cell subtypes are extremely rare (<0.01% of cell population in the retina), a novel cell annotation strategy leveraging the single-cell transcriptomic map is essential. Over 60K cells have been profiled with MERFISH. We will discuss how all cell types and most subtypes can be successfully identified and placed on the retinal spatial map.
学习目标
  • 确定为什么构建空间分辨率的视网膜单细胞图谱对于全面了解视网膜功能至关重要
  • 探索如何在Vizgen的MERSCOPETM平台上开发一种新的程序,用MERFISH对小鼠视网膜进行单细胞空间转录组分析
  • 探索MERFISH如何剖析和识别细胞类型,以实现小鼠视网膜的空间映射
在线研讨会将在现场活动结束后提供无限量的点播观看。
LabRoots被ASCLS P.a.C.E.计划批准为临床实验室科学继续教育计划的提供者。通过参加本次网络研讨会,您可以在浏览完整个网络研讨会后获得1个继续教育学分。

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